对南直隶的各卫所加强控制，同时传令于驻南直隶的两镇官军，加强戒备，同时向南京的督师大学士吕调阳说明此事，请求吕调阳调遣官军以备不测。
在杨继盛的指挥下，驻南直隶的各卫所、南直隶两镇官军都纷纷提高警惕，同时命令提督南直隶学政、提督浙江学政巡视浙直各州县，安抚生员们的情绪，防止这些生员们闹事。